截至年7月，牡丹江市共辖10个行*区，包括4个市辖区、5个县级市、1个县。分别是东安区、阳明区、爱民区、西安区、绥芬河市、海林市、宁安市、穆棱市、东宁市、林口县。牡丹江市人民*府驻东安区卧龙街。
市辖区
1.东安区
东安区是黑龙江省牡丹江市下辖区，位于牡丹江市区东南部，面积.2平方公里。东安区是牡丹江市形成市区最早的地方，如今东安区是牡丹江市的*治、经济、文化中心。
2.西安区
西安区位于黑龙江省牡丹江市西南部，全区总面积平方公里。盛产山参、刺五加、*芪、猴头蘑、黑木耳、蕨菜等名贵山产品。
3.爱民区
爱民区是牡丹江市下辖区，地处牡丹江市区西北部，以滨绥铁路线为界与西安区、东安区、阳明区相邻，其它周边与海林市接壤，俗称“桥北”。爱民区总面积平方公里。
4.阳明区
阳明区是牡丹江市下辖区，位于牡丹江市区东部，面积平方公里。年6月，入选中国最宜置业百佳县市。
县级市
5.绥芬河市
绥芬河市，隶属于黑龙江省牡丹江市。绥芬河市因境内的绥芬河而得名，绥芬河是一座风光秀丽的边境山城，辖区面积平方公里。
绥芬河既是中国东北地区对外开放，参与国际分工的重要窗口和桥梁，也是承接我国振兴东北和俄罗斯开发远东两大战略的重要节点城市，被誉为连接东北亚和走向亚太地区的“*金通道”。
6.海林市
海林市是黑龙江省牡丹江市代管县级市，位于黑龙江省东南部，距牡丹江市仅12公里，总面积平方公里。《林海雪原》、《智取威虎山》故事的发生地。
7.宁安市
宁安，位于黑龙江省东南部，隶属于黑龙江省牡丹江市，是满族先祖肃慎人故地、清皇族先祖所居之地，全市幅员面积平方公里。
宁安地处绥芬河、珲春两个国家级开放口岸中心地带，是东北亚经济技术交流合作中商贾往来、物资集散和信息传递的重要区域。
8.穆棱市
穆棱市是隶属于黑龙江省牡丹江市的县级市，位于黑龙江省东南部，穆棱市得名于“穆棱河”，总面积平方千米。穆棱市是“中国大豆之乡”和“中国红豆杉之乡”。
9.东宁市
东宁市，是牡丹江市代管的县级市，位于黑龙江省东南部，东宁市境内总面积平方公里。东宁市是东北亚国际大通道上重要的交通枢纽，是国家一类陆路口岸。
县
10.林口县
林口县，隶属于黑龙江省牡丹江市，位于黑龙江省东部，是绥芬河、东宁、密山、虎林等对俄贸易口岸的前沿腹地，面积平方公里。
林口县早在多年前便有人居住，汉以前称肃慎，唐初为黑水都督府所辖，后为渤海国辖地。